- Les buveurs réguliers ont une composition du microbiote différente de celle des non-buveurs.
- À la reprise, caféiné et décaféiné ont tous deux réduit le stress perçu et les scores dépressifs.
- Seul le caféiné a réduit l’anxiété ; le taux de cortisol n’a pas bougé.
- Effectifs très petits : c’est une piste de recherche, pas une recommandation.
Par quel chemin le café agit-il ?
Que le café agisse sur le cerveau n’a rien de nouveau. Ce qu’on comprenait mal, c’est par quel chemin. L’équipe de l’APC Microbiome Ireland, à Cork, a exploré une hypothèse séduisante : et si une partie de l’effet passait par l’intestin ?
Le protocole est bien construit. Les chercheurs ont d’abord comparé des buveurs de café réguliers à des non-buveurs : selles, urines, tests de mémoire, d’attention, d’humeur et de stress. Puis les buveurs ont arrêté totalement le café pendant deux semaines. Enfin, ils ont repris pendant trois semaines, répartis au hasard entre café caféiné et café décaféiné.
Ce que les chercheurs ont mesuré
Premier constat : la flore intestinale des buveurs est différente. Certaines bactéries y sont plus abondantes, et plusieurs métabolites produits par ces bactéries s’y trouvent en quantités moindres, dont le GABA, un neurotransmetteur impliqué dans la régulation de l’anxiété. Une partie de ces différences s’est estompée pendant l’arrêt, ce qui suggère qu’elles sont réversibles.
Second constat, le plus parlant : à la reprise, les deux cafés ont réduit le stress perçu et les scores dépressifs. Le décaféiné a de son côté amélioré la mémoire, la qualité du sommeil et le niveau d’activité physique. Seul le caféiné a fait baisser l’anxiété. Le taux de cortisol, lui, n’a pas bougé.
Une tasse contient plusieurs centaines de molécules : polyphénols, acides phénoliques, composés formés à la torréfaction. Ce sont elles que les bactéries intestinales transforment. Si le décaféiné reproduit une partie des effets, c’est que la caféine n’explique pas tout.
Ce que ça dit vraiment, et ce que ça ne dit pas
Les limites de ce travail comptent autant que ses résultats, et il vaut mieux les connaître avant d’en tirer une conclusion pour soi.
Les effectifs sont très petits : 31 buveurs et 31 non-buveurs au départ, puis 16 et 15 par groupe à la reprise. Le sens de la relation reste ouvert : des personnes peuvent aussi boire du café en raison de ce qu’elles sont, et non l’inverse. Enfin, les auteurs signalent que les gains cognitifs observés pendant l’arrêt peuvent venir du simple fait de repasser les mêmes tests plusieurs fois.
Autrement dit : cette étude ouvre une piste sur l’axe intestin-cerveau, elle ne démontre aucun bénéfice de santé et ne justifie ni de commencer, ni d’arrêter le café.
Le déca mérite mieux que sa réputation
Ce que ce travail apporte de plus utile au quotidien est simple : si vous réduisez le café pour vos nuits, votre tension ou votre anxiété, basculer sur du décaféiné l’après-midi n’est pas un pis-aller. Vous gardez le rituel, le goût et une partie des composés actifs.
- 400 mg de caféine par jour pour un adulte en bonne santé, selon l’autorité européenne de sécurité des aliments, soit environ quatre à cinq expressos, toutes sources confondues : thé, colas, boissons énergisantes et chocolat comptent.
- 200 mg par jour pendant la grossesse et l’allaitement. La caféine traverse le placenta et passe dans le lait, et elle est éliminée beaucoup plus lentement pendant la grossesse.
- Une demi-vie de plusieurs heures : un café de fin d’après-midi est encore présent au coucher, même si vous ne le sentez pas. Si vos nuits sont fragiles, fixez-vous une heure limite en début d’après-midi.
Deux points qu’on évoque rarement. Le café réduit fortement l’absorption du fer d’origine végétale : en cas de carence ou d’anémie, éloignez-le des repas. Et la caféine étant métabolisée par le foie, certains traitements ralentissent son élimination, ce qui vous rend plus sensible à dose égale : si votre tolérance a changé après l’introduction d’un médicament, venez nous en parler. Et si vous réduisez, faites-le progressivement : un arrêt brutal donne maux de tête, fatigue et irritabilité pendant quelques jours.
L’essentiel de ce 12 septembre
Les buveurs de café présentent un microbiote différent, et ces différences s’estompent en partie à l’arrêt. À la reprise, caféiné comme décaféiné ont réduit le stress perçu : la caféine n’explique pas tout.
Avec une trentaine de participants au départ et une quinzaine par groupe à la reprise, c’est une piste de recherche, pas une recommandation. Les repères solides restent les doses : 400 mg de caféine par jour chez l’adulte, 200 mg pendant la grossesse, toutes sources confondues.
- Boscaini S., Bastiaanssen T. F. S., Moloney G. M. et al. — « Habitual coffee intake shapes the gut microbiome and modifies host physiology and cognition », Nature Communications, 21 avril 2026, 17, article 3439. DOI 10.1038/s41467-026-71264-8. nature.com (essais NCT05927038 et NCT05927103)
- Sci.News — 21 avril 2026. sci.news
- ScienceDaily — 3 mai 2026. sciencedaily.com
Cet article a une visée informative et ne remplace pas un avis médical personnalisé. En cas de doute, de symptôme ou de traitement en cours, parlez-en à votre médecin, à votre pharmacien ou à votre équipe officinale. Mentions légales complètes.
Le décaféiné contient-il vraiment zéro caféine ?
Non, il en reste une petite quantité. C’est négligeable pour la plupart des gens, mais bon à savoir si vous êtes très sensible à la caféine.
Faut-il boire du café pour son microbiote ?
Non. Cette étude décrit des différences de composition, elle ne démontre aucun bénéfice de santé. Pour le microbiote, ce qui est établi reste la diversité végétale de l’assiette.
J’ai des remontées acides avec le café. Le déca est-il mieux toléré ?
Souvent un peu, mais pas toujours : l’acidité du café ne vient pas seulement de la caféine. Essayez une torréfaction plus foncée, évitez le café à jeun, et si les symptômes persistent, parlez-en à votre équipe officinale.
